Σε διάφορες περιοχές της Ελλάδας, ο Άγιος Ιωάννης ο Πρόδρομος είναι γνωστός και με άλλες λαϊκές προσωνυμίες, οι οποίες συνδέονται με τοπικές παραδόσεις, δοξασίες και θεραπευτικές ιδιότητες που του αποδίδει ο λαός.
Σε ορισμένους τόπους αποκαλείται Τιναχτής, ιδιαίτερα στη Νάξο. Η ονομασία αυτή σχετίζεται είτε με τα έντονα ρίγη που, σύμφωνα με τη λαϊκή πίστη, «τινάζουν» όποιον δεν τηρεί τη νηστεία της ημέρας, είτε με τη θεραπεία του λεγόμενου «τιναχτικού», δηλαδή του ελώδους πυρετού. Στη Θράκη, ο Άγιος είναι γνωστός και ως Κυνηγός, καθώς η εορτή της αποτομής της κεφαλής του, στις 29 Αυγούστου, συμπίπτει με την έναρξη της κυνηγετικής περιόδου. Κατά μία άλλη εκδοχή, η ονομασία αυτή προέρχεται από το όνομα του κτήτορα τοπικού ναού. Σε ορισμένες περιοχές συναντάται επίσης η προσωνυμία Κουτσοκεφάλης, που συνδέεται με το μαρτύριο του αποκεφαλισμού του Αγίου.
Στην Κρήτη, πάνω σε ακρωτήριο πριν από την είσοδο στον κόλπο του Μεραμπέλου, βρίσκεται το εκκλησάκι του Άη Γιάννη του Αφορεσμένου, μια ονομασία που αποδίδεται στα πολυάριθμα ναυάγια που έχουν σημειωθεί στην περιοχή και στη λαϊκή αντίληψη ότι ο τόπος «αφορίζει» τα πλοία.
Σύμφωνα με τις παραδοσιακές δοξασίες του ελληνικού λαού, οι κακοήθεις πυρετοί που εμφανίζονται κυρίως τον Αύγουστο, με τα έντονα ρίγη και τους δυνατούς παροξυσμούς, αποδίδονται στη μεγάλη ταραχή που υπέστη η κεφαλή του Αγίου κατά το μαρτύριό του. Για τον λόγο αυτό, ο Άγιος Ιωάννης απεικονίζεται συχνά στην αγιογραφία να κρατά την αποκεφαλισμένη κεφαλή του.
Στο Ρέθυμνο, και συγκεκριμένα στην περιοχή του Πετρέ, ο Άγιος Ιωάννης είναι γνωστός ως Ριγολόγος και θεωρείται προστάτης και θεραπευτής της ελονοσίας. Η τοπική παράδοση αναφέρει ότι το εκκλησάκι του Αϊ-Γιάννη χτίστηκε την περίοδο της Τουρκοκρατίας, σε χρόνια που οι επιδημίες θέριζαν τον πληθυσμό και η πίστη στον Άγιο αποτελούσε καταφύγιο ελπίδας και ίασης.
