Η λίμνη Κορώνεια είναι ενταγμένη στο δίκτυο Natura 2000 και έχει ειδικό καθεστώς προστασίας. Τη δεκαετία του ΄70 είχε έκταση 46.000 στρέμματα και μέγιστο βάθος 8 μέτρα.
Το γεγονός ότι βρίσκεται σε απόσταση 15 χιλιομέτρων από το πολεοδομικό συγκρότημα της Θεσσαλονίκης οδήγησε στην οικολογική αστάθεια του οικοσυστήματος, λόγω των έντονων ανθρωπογενών πιέσεων που δέχτηκε, αναφέρει ο ΟΦΥΠΕΚΑ και σημειώνει ότι τα τελευταία χρόνια η έκταση και το βάθος της λίμνης ποικίλουν ανάλογα με τις κλιματολογικές συνθήκες και τη χρήση νερού στην υπολεκάνη και έχει καταγραφεί μεγάλη ποιοτική υποβάθμιση των υδάτων της με συνέπεια η ιχθυοπανίδα, η ορνιθοπανίδα, αλλά και η πανίδα γενικότερα να κινδυνεύουν κατά περιόδους.
Η λίμνη Κορώνεια απειλείται σήμερα άμεσα από την ανομβρία που πλήττει τη χώρα με αποτέλεσμα να έχει πέσει η στάθμη της. Η λίμνη Κορώνεια όπως και όλες οι λίμνες της Κεντρικής Μακεδονίας δέχονται ισχυρές πιέσεις από την κλιματική κρίση και από την άρδευση.
Το ΕΚΒΥ επισημαίνει ότι «από τις αρχές του 2024, οι τιμές της μέσης μέγιστης μηνιαίας θερμοκρασίας βρίσκονται στα ανώτερα επίπεδα της περιόδου 2013-2023 και το ετήσιο ύψος βροχής για τα έτη 2023 και 2024 αρκετά χαμηλά. Η κλιματική αλλαγή προκαλεί υδρολογικές πιέσεις στις λίμνες και επιτείνει την ανάγκη μείωσης των απολήψεων νερού από τις υδρολογικές λεκάνες των λιμνών».
Όσον αφορά τη λίμνη Κορώνεια η υδρογεωλόγος του ΕΚΒΥ Ειρήνη Βαρσάμη μιλώντας στο ΑΠΕ ΜΠΕ εξήγησε ότι επειδή είναι αβαθής «τότε η συνολική ποσότητα που χάνει θα φανεί πιο έντονα στο αποτέλεσμα».
Η Ειρήνη Βαρσάμη διευκρίνισε ότι «στην Κορώνεια δεν έχουμε απολήψεις για άρδευση, αλλά από τη στιγμή που ο υπόγειος υδροφορέας επικοινωνεί στην ουσία με τη λίμνη και η γύρω περιοχή αντλεί από τον υπόγειο υδροφορέα ποσότητες νερού για άρδευση επηρεάζεται και η λίμνη».